不管是国有土地上房屋的征收还是集体土地的征收，签订征收补偿协议是征地的一个必备程序，那么，征地补偿协议应该是谁与谁来签订，这是一个关键的问题。在实践中，会有一部分政府直接委托村委会与被征地农户签订补偿协议，还有一部分是政府的征收办或土地行政主管部门与村委会直接签订一个集体的补偿合同。那么，在法律是怎么规定的？

根据《土地管理法实施条例第二十五条以及《征收土地公告办法》第十一条的规定，征地补偿、安置方案经批准后，由有关市、县人民政府土地行政主管部门组织实施。《国有土地上房屋征收与补偿条例》第四条：市县级人民政府负责本行政区域的房屋征收与补偿工作。市县级人民政府确定的房屋征收部门组织实施本行政区域的房屋征收和补偿工作。

对于具体的征地补偿协议的主体签订在我国的土地法中并没有直接的规定，但是根据以上的法律我们根据立法的原意和征地的目的推出合法的征收双方的主体。由于市县级土地行政主管部门是法律规定的组织实施征地补偿安置方案的具体实施主体，那么，征地补偿协议作为征地安置补偿方案的一个重要部分，可以由市县级的土地行政部门作为征收主体签订补偿协议。还有些政府直接成立一个临时的土地征收办公室，其也可以作为市县级政府的委托人代理签订补偿协议，但是征收办只是市县级政府委托的代理人，并不是法律授权的主体，不能作为被告，如果确实要诉政府征收的行为，可以直接将委托方即市县级政府列为被告。

那么，补偿协议的另一方即被征收人是谁？原则上，根据合同的相对性原理，合同的另一方应该是土地的所有权人，那么代表集体经济组织的村委会就应该是补偿协议的被征收方。但是，土地征收涉及到农民的切实的而且重大的利益，如果仅仅由村委会代表签署，就很有可能由于政府和村委会的暗箱操作而侵害农民的合法权益。而且根据我国的《土地管理法实施条例》第二十六条，地上附着物和青苗补助费的支付对象是农户，土地安置补偿费也根据安置的方式分配给安置方，也可以直接支付给农民。且根据《国务院关于深化改革沿革土地管理的决定》第（十五）也明确规定，土地补偿费大部分归被征地的农户所有。所有，这个补偿协议与被征地农户也切实的厉害关系，集体只是一个名义，征地机关应当与实际的被征地农户签订征地补偿协议。

征地补偿协议是按照征地补偿安置方案确定的，征地补偿安置方案必须向被征地的集体组织和村民以书面的形式进行公告，如果补偿协议不符合征地补偿方案确定的标准，农民有权拒绝办理征地补偿安置手续。这样的补偿协议也是可以申请上一级或法院进行撤销。

按照法律规定，征地补偿安置方案经市县级人民政府确定后，对征地安置、补偿方案规定的标准有争议的，可以先由县级以上人民政府协调，协调不成的，由批准征地的人民政府进行裁决。所以，如果被征地人不服征地补偿协议，可以就征地补偿方案的补偿标准向县级以上政府就行申诉，协调不了，最终由省级政府或者国务院进行裁决。当然，对于补偿协议不服的，认为标准过低的，也可以直接向法院提起诉讼，要求法院审查补偿协议的合法性。