程序的价值主要是保障实体的公平正义，假如实体是公平的，如果没有程序或者程序不是公平正义，那么再公平的实体价值也不能实现，所以，程序的正义的价值在于保障实体的公平价值得以顺利实现。
如在选人用人领域，我们制定一条实体规则：论功行赏。谁的功劳大，就提拔谁，就奖赏谁。这是一条非常公平的实体规则。
但是，功劳怎么去捞取呢，捞取的功劳是部分还是全部呢，多人合作工作怎么评价个人的功劳呢？这就涉及到对于功劳的评价程序问题。例如，对于侦查部门查办案件来说，有的线索是送上门的大要案，如上级交办，有的线索是需要自己经营，对于交办和经营案件来说，所花费精力和需要的智力活动完全不是一个层级，付出的代价当然也不是一个量级，但是一个案件的查办而言，查办的案值大小当然也是一个衡量的标准，不同的人查办的案值标准肯定也不一样，但是如果将一个经营得很好的案件或者具有查办价值的案件交给领导想要提拔的人去查办，这毫无疑问是锦上添花，有时候甚至是雪中送炭。
这就涉及到程序不公平，影响到实体不公平，因为在大家都具有查办案件的能力的基础上，谁有了查办大要案的机会，谁就拥有了功劳，谁就有了提拔的机会。分配大要案查办任务的程序有多种方式：领导指定；轮流查办；抓阄查办；谁经营谁查办。对于自己经营案件线索坚持谁经营谁查办是最公平的；而对于上级交办的案件采取轮流查办或者抓阄查办是最公平的；而不公平的分配方式是领导指定，因为这种方式就有可能存在权力寻租，存在领导想要提拔谁，就交给谁，然后拿着功劳等提拔。
1.违反组织纪律，违规决策“三重一大”事项。对于重大事项决策、重要干部任免、重要项目安排、大额资金的使用，必须要经过集体决策讨论才能决定，但是在这项违纪行为中，主要表现为未经集体决策或者集体决策走过场，搞形式，如党组织主要负责人打破发言顺序，先发言定方向，误导表态或者授意安排有关人员先发言，打断持反对意见的人发言，或者在上会前充分沟通，取得一致意见，开会走过场，从而违规决策某些事项，导致决策不公平，让某些领导以集体决策为名行腐败之实。
2.违反工作程序，滥用职权或者玩忽职守。故意超越职权或者滥用职权，不履行职权或者不正确履行职权，造成国家、公民和企业等利益损失。如无权审批的领导人，故意越权审批，应当要履行监管职责的故意不履行职责，对国家利益造成损害。如负有对农业补贴项目验收职责的国家工作人员，在受贿后，故意不履行验收职责，造成国家补贴损失100多万元，或者虽然没有受贿，但是工作极不负责任，不履行验收职责，就签字通过，从而造成国家补贴被骗。又如执法机关工作人员未经批准违法扣押、搜查或者查封可能损害他人合法权益。
3.违反司法程序，徇私枉法或者枉法裁判。故意不按照司法程序办案，意图包庇有罪的人或者陷害无罪的人，或者故意不按照规定从重、从轻处理，或者裁判违背事实和法律。如交警在查办醉酒的案件中，为帮助他人逃避罪责，将犯罪嫌疑人验血检查延迟，导致其血液中酒精含量达不到醉酒驾驶的犯罪标准。又如法官违反审判合议制和重大案件集体审议制度判决案件就可能造成冤假错案。
4.违反选举程序，破坏选举。故意不按照正常的选举程序选举，将自己想要选举的人选举出来，如在选举前，通过贿选或者所谓组织意图，将想要被选举人员名单告知选举人，导致选举结果不公平。
违反程序的后果，轻者违纪，重者犯罪，需要追究相关人员违纪违法责任，但是在追究相关人员责任的同时，需要纠正实体不公正的后果。如违规得到项目需要取消，违规选人用人需要取消任用，违规的司法判决结果需要重新审判，违规选举的领导人需要罢免。
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