一、承包人是否有权选择按施工合同约定以外的方式进行结算？
一种观点认为，从《解释》第二条的文义看，赋予了承包人对工程结算方式的选择权，即承包人既可以请求参照施工合同约定进行结算，也可以主张不参照合同约定，而选择鉴定等方式进行结算，尤其在承包人有证据证明合同约定的价款低于工程成本的情况下，承包人要求通过造价鉴定据实结算工程款，更符合公平原则。
另一种观点认为，《解释》第二条并未赋予承包人选择参照合同约定或其他方式进行结算的权利，无论承包人选择与否，均应参照合同约定支付工程款，除非双方另行协商一致以合同约定方式以外的方式进行结算。
根据相关指导意见及裁判规则，最高法院支持后一种意见，即施工合同无效，无论承包人选择与否，原则上都应当参照合同约定确定工程价款。
1.最高法院在致江西高院的内部函（2010民申字第260号，见《民事审判指导与参考》2011年第4辑，第115页）中认为：关于诉争工程价款的确定应依据鉴定结论还是参照合同约定的问题，涉及对《解释》第二条的理解问题。《解释》对于无效合同的工程价款阶段原则上是采取了参照合同约定结算的补偿方式，虽然其在表述中出现"承包人请求参照合同约定支付工程价款"，但这并不意味着承包人对于两种折价补偿方式享有选择权。
2.在莫志华、深圳市东深工程有限公司与东莞市长富广场房地产开发有限公司建设工程合同纠纷案【（2011）民提字第235号】中，最高法院认为：关于涉案工程款是应按照合同约定结算还是据实结算，虽然合同无效，但莫志华与东深公司的劳动和建筑材料已经物化在涉案工程中，依据《解释》第二条的规定，建设工程无效合同参照有效合同处理，应当参照合同约定来计算涉案工程款。莫志华与东深公司主张应据实结算工程款，其主张缺乏依据。涉案工程款应当依据合同约定结算。
天同律师认为，规定承包人不享有工程结算方式的选择权，至少有两点好处：
1.维护诚信原则。我国建设工程市场属于发包人市场，承包人为了拿到工程自愿将工程款压的很低，这本质上是由市场供求关系决定的，并不违背公平原则。如果在合同无效的情况下赋予承包人对结算方式的选择权，承包人必然选择对自己有利的方式，合同无效可能比合同有效获得的工程款还高，这显然超过了当事人签订合同时的预期，有悖诚信原则。
2.节约诉讼成本。如果在合同无效的情况下赋予承包人对结算方式的选择权，无异于告诉承包人只要通过鉴定比约定的工程款高，就可以去申请对工程进行鉴定，这势必增加当事人的时间和金钱成本，增加当事人诉累。
不过，对于《解释》第二条的理解也不应僵化。在施工合同无效的情况下，原则上应参照合同约定结算工程款，但该规则亦存在例外：
1.工程未竣工验收合格。在陈秀各与新疆高原石油装备有限公司与山东国泰集团公司建设工程施工合同纠纷再审案【（2014）民申字第1525号】中，最高法院认为，《解释》第二条适用的前提条件是"建设工程经竣工验收合格"，而本案的实际情况是，对涉案工程陈秀各并未完成施工。在此情况下，一审法院才委托新疆新建联项目管理咨询有限公司对陈秀各已经施工的部分工程进行造价鉴定，一、二审法院依照《工程造价鉴定报告书》处理本案并无不妥。
2.当事人对结算方式约定不明。在江苏大汉建设实业有限责任公司等与刘军建设工程施工合同纠纷案【(2015)民申字第379号】中，最高法院认为：在刘军没有依法取得相应建设工程施工资质和劳务分包资质的情况下，二审判决认定上述合同无效正确。……双方合同约定的单价系综合单价，但就该主张未提供充分证据予以证明。在此情况下，应认为双方合同约定的计价方式、计价范围、计价标准等存在不明，需进一步予以查明，并依法作出合同解释。一审法院依项目部的申请启动鉴定程序以查明双方争议工程款数额，并无不当。刘军以合同对工程价款有明确约定为由，认为鉴定程序启动没有法律依据的理由不能成立。
3.当事人签订了多份施工合同，无法确定双方真实意思表示。在齐河环盾钢结构有限公司与济南永君物资有限责任公司建设工程施工合同纠纷案【（2011）民提字第104号】中，最高法院认为：按照《解释》第二条的规定，可以参照合同约定支付工程款。但是。由于本案双方当事人提供了由相同的委托代理人签订的、签署时间均为同一天、工程价款各不相同的三份合同，在三份合同价款分配没有规律且无法辨别真伪的情况下，不能确认当事人对合同价款约定的真实意思表示。因此，该三份合同均不能作为工程价款结算的依据。一审法院通过委托鉴定，依据鉴定机构出具的鉴定结论对争议的工程价款作出司法认定，并无不当。
4.当事人协商一致不按施工合同进行结算。即工程竣工验收合格后，当事人协商同意不按施工合同约定的的方式进行结算的，应视为对施工合同约定结算方式的变更，从保护当事人意思自治的角度来看，法律应予保护。在长春永信集团汽车贸易有限公司与长春建工集团吉源建设股份有限公司建设工程施工合同纠纷案【（2014）民提字第00016号】中，最高法院认为：根据诚实信用的原则，除非当事人另行协商一致同意按照定额标准据实结算，否则，一般应当参照合同约定支付工程价款。
二、发包人是否有权主张参照合同约定结算工程款？
一种观点认为，从《解释》第二条的文义看，只有承包人才能请求参照合同约定结算工程款，发包人无权引用该条规定。
另一种观点认为，《解释》第二条将请求参照合同约定结算工程款的权利平等地赋予了承包人和发包人，双方都有权行使该项权利。
从相关裁判规则来看，最高法院支持后一种观点，将请求参照合同约定进行工程结算的权利平等地赋予了承包人和发包人：
1.在天水市秦州区第四建筑工程公司与天水宝鼎房地产开发有限公司建设工程施工合同纠纷案【（2013）民提字第1101号】中，最高法院认为：因建设工程施工合同中有关工程价款的约定属合同双方的真实意思表示，在建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，人民法院应予支持；但施工合同司法解释并未规定只有承包人请求参照合同约定支付的情况下才能参照适用，即该司法解释并不是对承包人的单独赋权性规定。据此，原审法院依据双方施工合同的约定结算工程款，有事实和法律根据。
2.在前述（2014）民提字第00016号民事判决中，最高法院认为：《解释》第二条确立了建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格时的折价补偿原则，即"参照合同约定支付工程价款"，该条既未赋予承包人选择参照合同约定或者定额标准进行结算的权利，也非将请求参照合同约定支付工程价款的权利主体局限于承包人，根据该条规定的精神，发包人也可以请求参照合同约定支付工程价款。
三、发包人能否请求按照合同约定以外的方式进行结算？
天同律师认为，从平等保护发包人和承包人，维护诚信原则和节约诉讼成本考虑，既然未赋予承包人选择工程结算方式的权利，那么发包人也不应受到偏袒，即施工合同无效、工程竣工验收合格的情况下，发包人原则上也只能请求参照合同约定进行结算，其主张按照合同约定以外的方式进行结算的，不应予以支持。
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